Congé maladie dans la fonction publique territoriale : salaire, carence et durées (règles 2025-2026)

Depuis le 1ᵉʳ mars 2025, un fonctionnaire territorial en arrêt maladie ne touche plus que 90 % de son traitement pendant les 3 premiers mois (au lieu de 100 % auparavant), puis passe à demi-traitement. Jour de carence, durées, congé de longue maladie, longue durée : voici ce que dit la règle en vigueur — et ce que le SIHR-FAFPT peut faire pour vous si votre situation se complique.

Combien suis-je payé en congé de maladie ordinaire (CMO) ?

Le congé de maladie ordinaire peut durer jusqu’à 12 mois consécutifs. Depuis le 1ᵉʳ mars 2025 (article 189 de la loi de finances n° 2025-127 du 14 février 2025), la rémunération est la suivante :

• 3 premiers mois : 90 % du traitement indiciaire (contre 100 % avant mars 2025) ;
• 9 mois suivants : demi-traitement (50 % du traitement indiciaire).

Le supplément familial de traitement (SFT) reste versé à 100 %, et la NBI suit le sort du traitement (90 % puis 50 %). Le sort de votre régime indemnitaire (RIFSEEP) pendant l’arrêt dépend de la délibération de votre collectivité : c’est un point à vérifier au cas par cas — nous pouvons le faire avec vous.

Le jour de carence existe-t-il toujours ?

Oui. Sauf exceptions (congé pour invalidité imputable au service, affection de longue durée dans les conditions prévues, congé maternité et arrêts liés à la grossesse, etc.), le 1ᵉʳ jour de votre arrêt n’est pas rémunéré.

Que se passe-t-il au bout de 12 mois de maladie ordinaire ?

Si vous êtes toujours inapte à reprendre, plusieurs suites sont possibles selon votre état de santé : congé de longue maladie, congé de longue durée, temps partiel thérapeutique, reclassement, ou disponibilité d’office pour raison de santé en dernier recours. Ces passages se jouent devant le conseil médical — et c’est exactement le moment où il ne faut pas rester seul : un dossier mal préparé peut coûter des mois de traitement.

Congé de longue maladie (CLM) : pour qui, combien de temps ?

Le CLM concerne les maladies qui rendent l’exercice des fonctions impossible et nécessitent un traitement et des soins prolongés. Il peut durer 3 ans maximum : 1 an à plein traitement, puis 2 ans à demi-traitement (articles L. 822-6 et suivants du CGFP). La réduction à 90 % ne s’applique pas au CLM.

Congé de longue durée (CLD) : quelles maladies, quelle rémunération ?

Le CLD est réservé à cinq affections : tuberculose, maladie mentale, affection cancéreuse, poliomyélite, déficit immunitaire grave et acquis. Il peut durer 5 ans : 3 ans à plein traitement puis 2 ans à demi-traitement (articles L. 822-12 et suivants du CGFP). Il n’est pas renouvelable au cours de la carrière pour un même groupe de maladies.

Accident de service ou maladie professionnelle : un régime à part

Si votre arrêt est lié au service (accident de service, accident de trajet, maladie professionnelle), c’est le CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service) qui s’applique : il n’est pas concerné par la réduction à 90 % ni par le jour de carence. Encore faut-il faire reconnaître l’imputabilité au service — une démarche où l’accompagnement syndical fait souvent la différence.

Et les agents contractuels ?

Les contractuels de droit public sont aussi concernés par le passage à 90 % (décret n° 2025-197 du 27 février 2025), avec un régime propre : indemnités journalières de la sécurité sociale, complétées par l’employeur selon votre ancienneté (décret n° 88-145). Les durées d’indemnisation dépendent de votre ancienneté de services : parlez-nous de votre situation, syndiqué ou non.

Sources

• ✅ Loi n° 2025-127 du 14 février 2025 (art. 189) et décret n° 2025-197 du 27 février 2025 — rémunération à 90 % du CMO depuis le 1ᵉʳ mars 2025 (normes opposables).
• ✅ Code général de la fonction publique, art. L. 822-1 à L. 822-5 (CMO), L. 822-6 et s. (CLM), L. 822-12 et s. (CLD) — normes opposables.
• ✅ Fiches des centres de gestion (CDG 16, CDG 50, CDG 44) et Gazette des communes — doctrine indicative, consultées le 29/08/2026.
• ℹ️ Le régime indemnitaire pendant l’arrêt dépend de la délibération de chaque collectivité (norme locale) : vérification au cas par cas.

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📊 Quel est votre plein traitement ? Pour connaître la base de calcul de votre rémunération pendant un congé maladie, retrouvez votre indice et votre traitement dans notre simulateur : Grilles indiciaires 2026 de la territoriale.